diff --git a/drivers/pci/dwc/pcie-artpec6.c b/drivers/pci/dwc/pcie-artpec6.c
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--- a/drivers/pci/dwc/pcie-artpec6.c
+++ b/drivers/pci/dwc/pcie-artpec6.c
@@ -125,10 +125,36 @@ static const struct dw_pcie_ops dw_pcie_ops = {
 	.stop_link = artpec6_pcie_stop_link,
 };
 
+static void artpec6_pcie_wait_for_phy(struct artpec6_pcie *artpec6_pcie)
+{
+	struct dw_pcie *pci = artpec6_pcie->pci;
+	struct device *dev = pci->dev;
+	u32 val;
+	unsigned int retries;
+
+	retries = 50;
+	do {
+		usleep_range(1000, 2000);
+		val = artpec6_pcie_readl(artpec6_pcie, NOCCFG);
+		retries--;
+	} while (retries &&
+		(val & (NOCCFG_POWER_PCIE_IDLEACK | NOCCFG_POWER_PCIE_IDLE)));
+	if (!retries)
+		dev_err(dev, "PCIe clock manager did not leave idle state\n");
+
+	retries = 50;
+	do {
+		usleep_range(1000, 2000);
+		val = readl(artpec6_pcie->phy_base + PHY_STATUS);
+		retries--;
+	} while (retries && !(val & PHY_COSPLLLOCK));
+	if (!retries)
+		dev_err(dev, "PHY PLL did not lock\n");
+}
+
 static void artpec6_pcie_init_phy(struct artpec6_pcie *artpec6_pcie)
 {
 	u32 val;
-	unsigned int retries;
 
 	val = artpec6_pcie_readl(artpec6_pcie, PCIECFG);
 	val |=  PCIECFG_RISRCREN |	/* Receiver term. 50 Ohm */
@@ -154,21 +180,6 @@ static void artpec6_pcie_init_phy(struct artpec6_pcie *artpec6_pcie)
 	val = artpec6_pcie_readl(artpec6_pcie, NOCCFG);
 	val &= ~NOCCFG_POWER_PCIE_IDLEREQ;
 	artpec6_pcie_writel(artpec6_pcie, NOCCFG, val);
-
-	retries = 50;
-	do {
-		usleep_range(1000, 2000);
-		val = artpec6_pcie_readl(artpec6_pcie, NOCCFG);
-		retries--;
-	} while (retries &&
-		(val & (NOCCFG_POWER_PCIE_IDLEACK | NOCCFG_POWER_PCIE_IDLE)));
-
-	retries = 50;
-	do {
-		usleep_range(1000, 2000);
-		val = readl(artpec6_pcie->phy_base + PHY_STATUS);
-		retries--;
-	} while (retries && !(val & PHY_COSPLLLOCK));
 }
 
 static void artpec6_pcie_assert_core_reset(struct artpec6_pcie *artpec6_pcie)
@@ -207,6 +218,7 @@ static int artpec6_pcie_host_init(struct pcie_port *pp)
 	artpec6_pcie_assert_core_reset(artpec6_pcie);
 	artpec6_pcie_init_phy(artpec6_pcie);
 	artpec6_pcie_deassert_core_reset(artpec6_pcie);
+	artpec6_pcie_wait_for_phy(artpec6_pcie);
 	dw_pcie_setup_rc(pp);
 	artpec6_pcie_establish_link(pci);
 	dw_pcie_wait_for_link(pci);
@@ -274,6 +286,7 @@ static void artpec6_pcie_ep_init(struct dw_pcie_ep *ep)
 	artpec6_pcie_assert_core_reset(artpec6_pcie);
 	artpec6_pcie_init_phy(artpec6_pcie);
 	artpec6_pcie_deassert_core_reset(artpec6_pcie);
+	artpec6_pcie_wait_for_phy(artpec6_pcie);
 
 	for (bar = BAR_0; bar <= BAR_5; bar++)
 		dw_pcie_ep_reset_bar(pci, bar);