diff --git a/drivers/pci/controller/pci-aardvark.c b/drivers/pci/controller/pci-aardvark.c
index 25af189a1052..71ce9f02d596 100644
--- a/drivers/pci/controller/pci-aardvark.c
+++ b/drivers/pci/controller/pci-aardvark.c
@@ -116,6 +116,7 @@
 #define PCIE_MSI_ADDR_HIGH_REG			(CONTROL_BASE_ADDR + 0x54)
 #define PCIE_MSI_STATUS_REG			(CONTROL_BASE_ADDR + 0x58)
 #define PCIE_MSI_MASK_REG			(CONTROL_BASE_ADDR + 0x5C)
+#define     PCIE_MSI_ALL_MASK			GENMASK(31, 0)
 #define PCIE_MSI_PAYLOAD_REG			(CONTROL_BASE_ADDR + 0x9C)
 #define     PCIE_MSI_DATA_MASK			GENMASK(15, 0)
 
@@ -571,6 +572,7 @@ static void advk_pcie_setup_hw(struct advk_pcie *pcie)
 	advk_writel(pcie, reg, PCIE_CORE_CTRL2_REG);
 
 	/* Clear all interrupts */
+	advk_writel(pcie, PCIE_MSI_ALL_MASK, PCIE_MSI_STATUS_REG);
 	advk_writel(pcie, PCIE_ISR0_ALL_MASK, PCIE_ISR0_REG);
 	advk_writel(pcie, PCIE_ISR1_ALL_MASK, PCIE_ISR1_REG);
 	advk_writel(pcie, PCIE_IRQ_ALL_MASK, HOST_CTRL_INT_STATUS_REG);
@@ -583,7 +585,7 @@ static void advk_pcie_setup_hw(struct advk_pcie *pcie)
 	advk_writel(pcie, PCIE_ISR1_ALL_MASK, PCIE_ISR1_MASK_REG);
 
 	/* Unmask all MSIs */
-	advk_writel(pcie, 0, PCIE_MSI_MASK_REG);
+	advk_writel(pcie, ~(u32)PCIE_MSI_ALL_MASK, PCIE_MSI_MASK_REG);
 
 	/* Enable summary interrupt for GIC SPI source */
 	reg = PCIE_IRQ_ALL_MASK & (~PCIE_IRQ_ENABLE_INTS_MASK);
@@ -1399,7 +1401,7 @@ static void advk_pcie_handle_msi(struct advk_pcie *pcie)
 
 	msi_mask = advk_readl(pcie, PCIE_MSI_MASK_REG);
 	msi_val = advk_readl(pcie, PCIE_MSI_STATUS_REG);
-	msi_status = msi_val & ~msi_mask;
+	msi_status = msi_val & ((~msi_mask) & PCIE_MSI_ALL_MASK);
 
 	for (msi_idx = 0; msi_idx < MSI_IRQ_NUM; msi_idx++) {
 		if (!(BIT(msi_idx) & msi_status))